Samoloty MC-130J (na pierwszym planie) oraz MC-130H zrzucają na spadochronach łodzie typu RHIB (Rigid-Hulled Inflatable Boat) podczas ćwiczeń na Pacyfiku.
W dniu 12 czerwca 2002 r. MC-130H (84-0475) z dywizjonu 15th SOS rozbił się tuż po starcie z pasa startowego położonego w pobliżu tamy Sardeh Band w Afganistanie. Samolot wykonywał wówczas misję eksfiltracji dwóch żołnierzy oddziałów specjalnych. W katastrofie zginęło dwóch ładowniczych oraz jeden z żołnierzy. Według niektórych źródeł, samolot MC-130H został zniszczony przez oddział Talibów, gdy jeszcze pozostawał na ziemi. Pentagon miał zatuszować całą sprawę, nie chcąc przyznać się utraty kontroli nad przebiegiem operacji „Enduring Freedom”.
Kolejny MC-130H dywizjon 15th SOS utracił 7 sierpnia 2002 r. w Puerto Rico. Samolot o numerze 90-0161 uderzył w zbocze góry Monte Perucho, podczas wykonywania lotu treningowego z odwzorowaniem rzeźby terenu. Cała 10-osobowa załoga zginęła na miejscu. Przyczyną katastrofy była prawdopodobnie dezorientacja załogi lub zbyt długie ignorowanie ostrzeżeń systemu zarządzania lotem.
Od 22 marca 2003 r. MC-130H z dywizjonu 7th SOS brały udział w operacji „Northern Delay”. Jej celem było związanie wojsk irackich stacjonujących w północnym Iraku przez grupę operacyjną „Viking” (Task Force Viking). Działania te miały zapobiec przemieszczeniu stacjonujących na północy wojsk irackich na południe kraju, po rozpoczęciu inwazji na Irak w ramach operacji „Iraqi Freedom”. 22 marca 2003 r. sześć MC-130H operujących z rumuńskiej bazy w Konstancy miało przerzucić oddziały specjalne do północnego Iraku, na terytorium kontrolowane przez rebeliantów kurdyjskich. Turcja nie zgodziła się na przelot nad jej terytorium, dlatego samoloty musiały w nocy z 20 na 21 marca przelecieć najpierw do Jordanii, okrążając Azję Mniejszą. 22 marca, po 4,5-godzinnym locie na bardzo małej wysokości wynoszącej 50–30 m, MC-130H dotarły na lotnisko Bashur (Al-Harir) oraz lotnisko w As-Sulajmanijja w północnym Iraku. Podczas dolotu do celu trzy MC-130H zostały ostrzelane z ziemi i w drodze powrotnej jeden z nich musiał lądować awaryjnie w Incirlik. 23 marca Turcja zgodziła się na przeloty nad jej terytorium. Do końca kwietnia 2003 r., czyli do końca pierwszej fazy operacji „Iraqi Freedom”, samoloty MC-130H kontynuowały przerzuty oddziałów, zaopatrzenia i uzbrojenia dla grupy operacyjnej „Viking” walczącej w północnym Iraku.
Samolot MC-130P z dywizjonu 17th SOS startuje z japońskiej bazy Kadena AB na Okinawie; 26 grudnia 2004 r.
29 grudnia 2004 r. MC-130H (85-0012) został poważnie uszkodzony podczas dobiegu, po wylądowaniu na irackim lotnisku w Mosulu. Samolot wpadł kołami podwozia w rów wykopany podczas prac przy pasie startowym, po czym uderzył skrzydłem o ziemię. Uszkodzeniu uległo podwozie główne, a skrzydło zostało częściowo wyrwane z kadłuba. Załoga wyszła z wypadku bez szwanku. Wobec niemożności wykonania naprawy w warunkach polowych, samolot został spisany ze stanu i zniszczony za pomocą ładunków wybuchowych.
31 marca 2005 r. MC-130H (87-0127) rozbił się w Albanii podczas nocnej misji treningowej obejmującej lot z odwzorowaniem rzeźby terenu. Samolot uderzył w ziemię w Górach Dynarskich, 96 km na południowy wschód od Tirany. Całą 9-osobowa załoga zginęła. Przyczyną katastrofy był prawdopodobnie błąd pilota. Lot wykonywano przy zredukowanej mocy silników, niewystarczającej do ominięcia przeszkody terenowej.
W 2010 r. MC-130H brały udział w operacji „Unified Response” – pomocy humanitarnej dla zniszczonego trzęsieniem ziemi Haiti. W okresie od marca do maja 2011 r. samoloty z dywizjonu 1st SOS wspierały operację humanitarną „Tomodachi” niosącą pomoc Japonii, której rejony przybrzeżne (w tym elektrownia atomowa w Fukushimie) zostały zniszczone przez trzęsienie ziemi oraz wywołane nim tsunami. Od czerwca 2014 r. MC-130H wykorzystywane były w Iraku i Syrii w operacji „Inherent Resolve” wymierzonej w organizację terrorystyczną Państwo Islamskie (ISIS). W latach 2015–2021 brały też udział w operacji „Resolute Support” w Afganistanie.
W listopadzie 2013 r. cztery MC-130H z dywizjonu 1st SOS brały udział w operacji „Damayan”. Jej celem było udzielenie pomocy humanitarnej należącym do Filipin wyspom Leyte oraz Samar, zniszczonym po przejściu huraganu „Haiyan”. MC-130H wykonały 188 samolotolotów dostarczając łącznie 320 t zaopatrzenia i ewakuując 3,2 tys. osób. W kwietniu i maju 2015 r. MC-130H brały udział w operacji „Sahayogi Haat” – pomocy humanitarnej zorganizowanej dla dotkniętego skutkami trzęsienia ziemi Nepalu.
8 stycznia 2015 r. bazujący w bazie RAF Mildenhall dywizjon 7th SOS wycofał swój ostatni egzemplarz MC-130H (88-0195). Tego dnia wykonał on przelot do bazy Hulburt Field, gdzie włączony został do dywizjonu 15th SOS. W tym samym roku dywizjon 7th SOS zakończył przezbrajanie na zmiennowirnikowce CV-22B.
29 lipca 2016 r. bazujący w Kirtland AFB dywizjon szkolny 550th SOS zakończył użytkowanie samolotów MC-130H. Tego dnia ostatni MC-130H dywizjonu – egzemplarz o nazwie własnej „Merlin’s Magic” (86-1699) – wykonał przelot do bazy Hulburt Field. Wszedł on na wyposażenie dywizjonu 19th SOS. Dywizjon ten został reaktywowany w bazie Hulburt Field 24 maja 1996 r. Początkowo realizował szkolenie załóg samolotów U-28A oraz gunshipów AC-130U. Obecnie szkoli, oprócz załóg MC-130H i MC-130J, również załogi CV-22B oraz AC-130J. 27 września 2016 r. dywizjon 550th SOS wycofał swoje ostatnie samoloty HC-130P/N, po czym 29 września został rozwiązany.
4 grudnia 2019 r. bazujący w Kadena AB dywizjon 1st SOS pożegnał swój ostatni egzemplarz MC-130H. Tego samego dnia samolot wykonał kilkuetapowy przelot do bazy Hulburt Field na Florydzie. Był to MC-130H Merlin’s Magic (86-1699) – ten sam egzemplarz, który dywizjon 550th SOS przekazał do dywizjonu 19th SOS. Ten ostatni w czerwcu 2019 r. przekazał go dywizjonowi 1st SOS. W kwietniu 2020 r. dywizjon 1st SOS przezbroił się na samoloty MC-130J przejęte z dywizjonu 17th SOS.
AFSOC użytkuje jeszcze ok. 11 egzemplarzy MC-130H, które znajdują się na wyposażeniu dywizjonu 15th SOS oraz dywizjonu szkolnego 19th SOS. Samoloty MC-130H mają zostać wycofane ze służby w roku fiskalnym 2024.
W celu zwiększenia możliwości floty samolotów specjalnego przeznaczenia MC-130E oraz MC-130H, w 1986 r. dokooptowano do nich 28 samolotów poszukiwania i ratownictwa bojowego/tankowania powietrznego typu Combat King, w tym: 13 HC-130P, 11 HC-130N i cztery HC-130H.
W marcu 1988 r. USAF reaktywowały w bazie Eglin AFB na Florydzie dywizjon specjalny 9th SOS. Otrzymał on samoloty HC-130P/N Combat King. 1 czerwca 1988 r. dywizjon ratownictwa bojowego 67th ARRS (Aerospace Rescue and Recovery Squadron) przemianowano na dywizjon specjalny 67th SOS. Dodatkowo, wydzielono z niego dywizjon 21st SOS, który otrzymał śmigłowce HH-53 Pave Low. Dywizjon 67th ARRS posiadał na wyposażeniu samoloty HC-130N/P i od 1952 r. nieprzerwanie stacjonował w kolejnych bazach europejskich: RAF Sculthrope, Moron AB oraz RAF Woodbridge. 1 kwietnia 1992 r. dywizjony 67th SOS oraz 21st SOS przeniesiono do brytyjskiej bazy RAF Alconbury. Od 17 lutego 1995 r. dywizjon 67th SOS stacjonuje w bazie RAF Mildenhall.
1 sierpnia 1989 r. USAF reaktywowały w japońskiej bazie Kadena AB dywizjon 17th SOS. Został on wyposażony w samoloty typu HC-130P/N. Jesienią 1992 r. dywizjon miał otrzymać samoloty MC-130H Combat Talon II. Z powodów logistycznych proces ten przełożono na połowę roku 1995. Ostatecznie jednak przezbrojenia nie zrealizowano i dywizjon zachował swoje HC-130P/N.
1 grudnia 1994 r. w bazie Duke Field na Florydzie reaktywowano dywizjon specjalny 5th SOS. Dywizjon, który otrzymał samoloty HC-130P/N Combat King, podporządkowano dowództwu sił rezerwowych (AFRC). W październiku 1999 r. przeniesiono do Eglin AFB na Florydzie.
W 1993 r. USAF rozpoczęły program modyfikacji HC--130P/N/H przeznaczonych dla AFSOC nazwany SOF-I (Special Operations Forces – Improvements). Jego celem było zwiększenie ich możliwości bojowych oraz przeżywalności podczas wykonywania misji specjalnych. Samoloty wyposażono w kolorowy radar nawigacyjno-pogodowy o małej mocy typu Northrop Grumman AN/APN-241 LPCR (Low Power Color Radar), nowe systemy nawigacji bezwładnościowej oraz grzbietowe gniazdo do pobierania paliwa ze sztywnego bomu typu UARRSI. Ten ostatni system początkowo otrzymało tylko 15 egzemplarzy, a pozostałe – do początku lat 2000. Pierwszy zmodyfikowany samolot (HC-130P, 66-0217) dywizjon 9th SOS odebrał pod koniec 1993 r.
W lutym 1996 r. wszystkie 28 egzemplarzy HC-130P/N/H oznaczono jako MC-130P Combat Shadow. Dywizjon 9th SOS otrzymał dziewięć egzemplarzy MC-130P, natomiast dywizjony: 5th SOS, 17th SOS oraz 67th SOS – po pięć. Cztery MC-130P przydzielono do skrzydła specjalnego 58th SOW bazującego w Kirkland AFB w Nowym Meksyku. Wykorzystywane były one praktycznie wyłącznie do zadań szkoleniowych. Standardowa załoga MC-130P składała się z: pilota, drugiego pilota, dwóch nawigatorów, inżyniera pokładowego, operatora systemów łączności oraz dwóch ładowniczych. Spośród samolotów typu Combat King, tylko wersja HC-130N od początku nie posiadała zamontowanego na dziobie systemu Fulton STAR. Samoloty te miały „tradycyjne” owiewki dziobowe. Pod koniec lat 80. w samolotach HC-130H oraz HC-130P zdemontowano system Fulton STAR zachowując jednakże, oryginalne „tępe” owiewki dziobowe. Samoloty HC-130H/P – późniejsze MC-130P – zachowały te owiewki do końca swojej służby. Dzięki temu można było je odróżnić od MC-130P, które wcześniej były egzemplarzami HC-130N. Posiadane przez HC-130H/P „tępe” owiewki różniły się od owiewek zainstalowanych w MC-130E (z charakterystyczną „brodą” mieszczącą antenę radaru do lotów z odwzorowaniem rzeźby terenu) oraz dłuższych, „tępych” owiewek zamontowanych w MC-130H.
Na początku lat 2000. flota MC-130P przeszła przez kolejne etapy modernizacji, na podobnej zasadzie jak „bliźniacze” HC-130P/N Combat King. Samoloty wyposażono w system ostrzegania i unikania kolizji w powietrzu Honeywell AN/APN-244 E-TCAS, montowane pod dziobem wielofunkcyjne wieżyczki optoelektroniczne pracujące w podczerwieni (EO/FLIR) typu AN/AAQ-38 (wariant modelu MX-15), zintegrowany system nawigacji satelitarnej oraz inercyjnej (GPS/INS), pakiet łączności satelitarnej, systemy ostrzegania przed opromieniowaniem radiolokacyjnym (RWR), system ostrzegający o wystrzeleniu pocisku AN/AAR-57 CMWS, system przeciwdziałania w podczerwieni AN/ALQ--157 LAIRCM, zintegrowane wyrzutniki przeciwradiolokacyjnych i termicznych nabojów zakłócających AN/ALE-47 CMDS oraz oświetlenie wewnętrzne i zewnętrzne kompatybilne z goglami noktowizyjnymi (NVG/NVIS). W kokpicie zainstalowano jeden, centralny, kolorowy wyświetlacz wielofunkcyjny służący do wyświetlania m.in. obrazu generowanego przez radar pokładowy oraz kolorowej, ruchomej mapy.
