Pierwszy prototyp HondaJet (nr ser. P001, rej. N420HA) został oblatany 3 grudnia 2003 r. Samolot ten posłużył wyłącznie do weryfikacji przyjętych rozwiązań konstrukcyjnych i aerodynamicznych.

Marka Honda jest dobrze znana nie tylko miłośnikom motoryzacji i sportów motorowych. Oprócz motocykli, samochodów i silników spalinowych Honda produkuje także kosiarki do trawy, odśnieżarki, pompy i generatory elektryczne. Jej dziełem jest również humanoidalny robot ASIMO. Chyba najmniej znanym obszarem działalności firmy jest produkcja małego odrzutowego samolotu dyspozycyjnego HondaJet.

Sōichirō Honda (1906–1991), założyciel Honda Giken Kōgyō Kabushiki Kaisha (Honda Motor Co., Ltd.), już w 1962 r. podjął decyzję o wejściu firmy na rynek małych samolotów dyspozycyjnych. Dwa lata później rozpoczęto wstępne przygotowania do budowy w przyszłości samolotów własnej konstrukcji. Jednak w kolejnych dwóch dekadach Honda Motor skupiła się na rozwoju swoich sztandarowych produktów – motocykli, samochodów i silników spalinowych – oraz ekspansji na światowych rynkach. Dopiero w 1986 r. w Wakō Kiso Gijutsu Kenkyū Sentā (Wako Fundamental Technology Research Center) w Wakō w prefekturze Saitama, należącym do firmy zależnej KK Honda Gijutsu Kenkyūjo (Honda Research and Development Co., Ltd., w skrócie nazywanej Honda R&D), rozpoczęto szerokie prace badawczo-rozwojowe z zakresu budowy samolotów i silników odrzutowych oraz technologii materiałów kompozytowych. W tym celu nawiązano współpracę z amerykańskim Raspet Flight Research Laboratory – ośrodkiem badawczym Uniwersytetu Stanowego Missisipi (Mississippi State University) w Starkville.
Jednym z wyróżniających się konstruktorów Hondy był młody inżynier Michimasa Fujino, który w 1983 r. ukończył studia na wydziale inżynierii lotniczej Uniwersytetu Tokijskiego (Tōkyō Daigaku), a rok później rozpoczął pracę w firmie Honda R&D. Pierwszym dziełem Fujino były skrzydła i usterzenie o kompozytowej konstrukcji, które w 1987 r. przetestowano w Stanach Zjednoczonych na zmodyfikowanym samolocie Beechcraft Bonanza, oznaczonym MH-01. W 1992 r. z pomocą Amerykanów zbudowano zaprojektowany przez Fujino samolot MH-02 – pierwszy w świecie samolot dyspozycyjny o całkowicie kompozytowej konstrukcji. Był to ośmiomiejscowy górnopłat ze skrzydłami o ujemnym skosie (–12° w 25% cięciwy) i usterzeniem w układzie T, napędzany dwoma silnikami turboodrzutowymi Pratt & Whitney JT15D-1 o ciągu po 5,5 kN zamontowanymi nad skrzydłami. W celu poprawy charakterystyk startu i lądowania zastosowano trójszczelinowe klapy. MH-02 został oblatany w Stanach Zjednoczonych 5 marca 1993 r. Do chwili zakończenia prób w sierpniu 1996 r. samolot spędził w powietrzu ponad 170 godzin.
MH-02 był maszyną wyłącznie doświadczalną, służącą do przetestowania różnych rozwiązań konstrukcyjnych i aerodynamicznych. Bazując na wynikach tych prób, w 1997 r. inż. Fujino – w tym czasie będący już głównym konstruktorem w firmie Honda R&D – rozpoczął projektowanie właściwego małego samolotu dyspozycyjnego (business jet). Dwa lata później projekt został zatwierdzony do realizacji przez kierownictwo Honda Motor, otrzymując oznaczenie HA-420 i nazwę HondaJet. Specjalnie z myślą o projektowaniu, budowie i próbach prototypu nowego samolotu w październiku 2000 r. przy lotnisku Piedmont Triad International Airport (PTIA) w Greensboro w Karolinie Północnej utworzono ośrodek badawczo-rozwojowy z hangarem o powierzchni niecałych 3000 m2, zarządzany przez firmę Honda R&D Americas, Inc. Aż do momentu ukończenia budowy prototypu projekt utrzymywano w ścisłej tajemnicy.
W międzyczasie w 1991 r. w Wakō rozpoczęto opracowywanie niewielkiego silnika turboodrzutowego HFX-01 o ciągu 8,0 kN. Pierwsze próby na hamowni przeprowadzono w Japonii w 1993 r. Następnie od 1995 do połowy 1996 r. w Kalifornii silnik poddano próbom na dużej wysokości trwającym ponad 70 godzin. HFX-01 był pierwszym krokiem na drodze do skonstruowania mocniejszego silnika HFX20 o ciągu 9,8 kN. W 1999 r. rozpoczęto prace nad kolejnym silnikiem turboodrzutowym HF118 o ciągu 7,4 kN, przeznaczonym do napędu nowego biz-jeta. W porównaniu z doświadczalnymi silnikami HF118 miał być bardziej niezawodny, trwalszy, cichszy i oszczędniejszy. Był to niewielki silnik dwuwirnikowy (dwuwałowy) o stopniu dwuprzepływowości 2,9, mający jednostopniowy wentylator i jednostopniową sprężarkę osiową niskiego ciśnienia, jednostopniową sprężarkę odśrodkową wysokiego ciśnienia oraz jednostopniowe turbiny osiowe wysokiego i niskiego ciśnienia. Średnica wentylatora wynosiła 441 mm, długość całkowita 1384 mm, masa 178 kg.
W lipcu 2004 r. wszystkie prace badawczo-rozwojowe związane z silnikami lotniczymi skonsolidowano w nowo utworzonym Wakō Nishi Kenkyūjo (Wako West R&D Center), obecnie znanym jako Kōkūki Enjin R&D Sentā (Aircraft Engine R&D Center). Produkcja silników HF118 miała być natomiast przeniesiona do Stanów Zjednoczonych, gdzie w tym samym miesiącu Honda Motor założyła firmę Honda Aero, Inc. (HAI). Nawiązano także współpracę z koncernem General Electric, która zaowocowała utworzeniem w październiku 2004 r. spółki GE Honda Aero Engines, LLC z siedzibą w Cincinnati w Ohio (HAI i GE Aviation mają w niej po 50% udziałów). Jej zadaniem miała być certyfikacja, sprzedaż i zarządzanie produkcją seryjną silników HF118.