Pierwszy prototyp HondaJet (nr ser. P001, rej. N420HA) został oblatany 3 grudnia 2003 r. Samolot ten posłużył wyłącznie do weryfikacji przyjętych rozwiązań konstrukcyjnych i aerodynamicznych.
Sōichirō Honda (1906–1991), założyciel Honda Giken Kōgyō Kabushiki Kaisha (Honda Motor Co., Ltd.), już w 1962 r. podjął decyzję o wejściu firmy na rynek małych samolotów dyspozycyjnych. Dwa lata później rozpoczęto wstępne przygotowania do budowy w przyszłości samolotów własnej konstrukcji. Jednak w kolejnych dwóch dekadach Honda Motor skupiła się na rozwoju swoich sztandarowych produktów – motocykli, samochodów i silników spalinowych – oraz ekspansji na światowych rynkach. Dopiero w 1986 r. w Wakō Kiso Gijutsu Kenkyū Sentā (Wako Fundamental Technology Research Center) w Wakō w prefekturze Saitama, należącym do firmy zależnej KK Honda Gijutsu Kenkyūjo (Honda Research and Development Co., Ltd., w skrócie nazywanej Honda R&D), rozpoczęto szerokie prace badawczo-rozwojowe z zakresu budowy samolotów i silników odrzutowych oraz technologii materiałów kompozytowych. W tym celu nawiązano współpracę z amerykańskim Raspet Flight Research Laboratory – ośrodkiem badawczym Uniwersytetu Stanowego Missisipi (Mississippi State University) w Starkville.
Jednym z wyróżniających się konstruktorów Hondy był młody inżynier Michimasa Fujino, który w 1983 r. ukończył studia na wydziale inżynierii lotniczej Uniwersytetu Tokijskiego (Tōkyō Daigaku), a rok później rozpoczął pracę w firmie Honda R&D. Pierwszym dziełem Fujino były skrzydła i usterzenie o kompozytowej konstrukcji, które w 1987 r. przetestowano w Stanach Zjednoczonych na zmodyfikowanym samolocie Beechcraft Bonanza, oznaczonym MH-01. W 1992 r. z pomocą Amerykanów zbudowano zaprojektowany przez Fujino samolot MH-02 – pierwszy w świecie samolot dyspozycyjny o całkowicie kompozytowej konstrukcji. Był to ośmiomiejscowy górnopłat ze skrzydłami o ujemnym skosie (–12° w 25% cięciwy) i usterzeniem w układzie T, napędzany dwoma silnikami turboodrzutowymi Pratt & Whitney JT15D-1 o ciągu po 5,5 kN zamontowanymi nad skrzydłami. W celu poprawy charakterystyk startu i lądowania zastosowano trójszczelinowe klapy. MH-02 został oblatany w Stanach Zjednoczonych 5 marca 1993 r. Do chwili zakończenia prób w sierpniu 1996 r. samolot spędził w powietrzu ponad 170 godzin.
MH-02 był maszyną wyłącznie doświadczalną, służącą do przetestowania różnych rozwiązań konstrukcyjnych i aerodynamicznych. Bazując na wynikach tych prób, w 1997 r. inż. Fujino – w tym czasie będący już głównym konstruktorem w firmie Honda R&D – rozpoczął projektowanie właściwego małego samolotu dyspozycyjnego (business jet). Dwa lata później projekt został zatwierdzony do realizacji przez kierownictwo Honda Motor, otrzymując oznaczenie HA-420 i nazwę HondaJet. Specjalnie z myślą o projektowaniu, budowie i próbach prototypu nowego samolotu w październiku 2000 r. przy lotnisku Piedmont Triad International Airport (PTIA) w Greensboro w Karolinie Północnej utworzono ośrodek badawczo-rozwojowy z hangarem o powierzchni niecałych 3000 m2, zarządzany przez firmę Honda R&D Americas, Inc. Aż do momentu ukończenia budowy prototypu projekt utrzymywano w ścisłej tajemnicy.
W międzyczasie w 1991 r. w Wakō rozpoczęto opracowywanie niewielkiego silnika turboodrzutowego HFX-01 o ciągu 8,0 kN. Pierwsze próby na hamowni przeprowadzono w Japonii w 1993 r. Następnie od 1995 do połowy 1996 r. w Kalifornii silnik poddano próbom na dużej wysokości trwającym ponad 70 godzin. HFX-01 był pierwszym krokiem na drodze do skonstruowania mocniejszego silnika HFX20 o ciągu 9,8 kN. W 1999 r. rozpoczęto prace nad kolejnym silnikiem turboodrzutowym HF118 o ciągu 7,4 kN, przeznaczonym do napędu nowego biz-jeta. W porównaniu z doświadczalnymi silnikami HF118 miał być bardziej niezawodny, trwalszy, cichszy i oszczędniejszy. Był to niewielki silnik dwuwirnikowy (dwuwałowy) o stopniu dwuprzepływowości 2,9, mający jednostopniowy wentylator i jednostopniową sprężarkę osiową niskiego ciśnienia, jednostopniową sprężarkę odśrodkową wysokiego ciśnienia oraz jednostopniowe turbiny osiowe wysokiego i niskiego ciśnienia. Średnica wentylatora wynosiła 441 mm, długość całkowita 1384 mm, masa 178 kg.
W lipcu 2004 r. wszystkie prace badawczo-rozwojowe związane z silnikami lotniczymi skonsolidowano w nowo utworzonym Wakō Nishi Kenkyūjo (Wako West R&D Center), obecnie znanym jako Kōkūki Enjin R&D Sentā (Aircraft Engine R&D Center). Produkcja silników HF118 miała być natomiast przeniesiona do Stanów Zjednoczonych, gdzie w tym samym miesiącu Honda Motor założyła firmę Honda Aero, Inc. (HAI). Nawiązano także współpracę z koncernem General Electric, która zaowocowała utworzeniem w październiku 2004 r. spółki GE Honda Aero Engines, LLC z siedzibą w Cincinnati w Ohio (HAI i GE Aviation mają w niej po 50% udziałów). Jej zadaniem miała być certyfikacja, sprzedaż i zarządzanie produkcją seryjną silników HF118.