Cztery F-117A z dywizjonu testowego 410th FLTS: 81-10784 (egzemplarz testowy FSD-5), 81-10783 (FSD-4), 84-0811 i 85-0831.

Po niewątpliwym sukcesie jakim był udział F-117A w operacji „Desert Storm”, swoistym kubłem zimnej wody dla USAF było zestrzelenie F-117A przez serbską obronę przeciwlotniczą podczas operacji „Allied Force”. Inwazja na Irak przeprowadzona w 2003 r. w ramach operacji „Iraqi Freedom” była ostatnim konfliktem zbrojnym w którym brały udział F-117A. Planowano, że pozostaną w służbie przynajmniej do 2011 r., jednakże już w 2006 r. zapadła decyzja o ich wycofaniu w ciągu kolejnych dwóch lat. F-117A stawały się coraz droższe w eksploatacji, a jednocześnie technologia, którą zastosowano przy ich projektowaniu nie dawała już tak dużej przewagi na polu walki jak miało to miejsce w latach 90. XX wieku. Wdrożenie do służby kolejnych platform stealth takich jak bombowce B-2A i samoloty myśliwskie F-22A oraz potrzeba dofinansowania programu budowy myśliwców F-35, przypieczętowały los F-117A.

Zakończenie „zimnej wojny” pozwoliło na zmniejszenie liczby dywizjonów oraz konsolidację jednostek USAF. Rozpoczęto zakrojoną na szeroką skalę restrukturyzację, którą chwilowo opóźniła operacja „Desert Storm”. Pierwszym krokiem była zmiana nazewnictwa jednostek. Zrezygnowano z przymiotnika „taktyczny” (tactical) w nazwach skrzydeł i dywizjonów. Z tego względu, 1 października 1991 r. skrzydło 37th Tactical Fighter Wing zostało przemianowane na 37th Fighter Wing. Na takiej samej zasadzie zmieniła się nazwa dywizjonów skrzydła. 1 czerwca 1992 r. zostało rozwiązane dowództwo lotnictwa taktycznego – TAC (Tacticl Air Command), a w jego miejsce powołano, istniejące do dziś, dowództwo lotnictwa bojowego – ACC (Air Combat Command).
Ogólna redukcja budżetu Pentagonu wymusiła też ograniczenie wydatków. Ujawnienie programu „Senior Trend” sprawiło, że flota F-117A nie musiała już operować z odległej bazy Tonopah. Jej utrzymywanie, zabezpieczanie oraz potrzeba ciągłego dowożenia zapatrzenia i personelu generowały duże koszty. Przeniesienie F-117A do „zwykłej” bazy pozwoliło by też na pełne włączenie samolotów w planowanie i działania operacyjne USAF. Na początku 1992 r. dowództwo sił powietrznych podjęło decyzję o przeniesieniu skrzydła 37th FW do bazy Holloman AFB w Nowym Meksyku. W tym czasie w bazie rozwiązywano właśnie skrzydło myśliwskie 49th FW, które posiadało na wyposażeniu myśliwce F-15A/B. Początkowo skrzydło 37th FW miało przenieść się w całości do Holloman. Szef sztabu USAF Gen. Merril McPeak uznał jednak, że tradycje skrzydła 49th FW są większe niż 37th FW, i że należy jednostkę utrzymać. 8 lipca 1992 r., podczas uroczystości, która miała miejsce w bazie Tonopah TTR, skrzydło 37th FW zostało rozwiązane, i jednocześnie reaktywowane jako 49th FW z siedzibą w bazie Holloman AFB. Dotychczasowy dowódca 37th FW Col. Alton „Al” Whitley przekazał sztandar nowemu dowódcy, którym został Brig. Gen. Lloyd „Fig” Newton.

24 marca 1999 r. – F-117A z dywizjonu ekspedycyjnego 8th EFS kołuje przed startem z bazy Aviano AB we Włoszech do pierwszej misji w ramach operacji „Allied Force”.

Rozpoczęło się stopniowe przenoszenie personelu i samolotów z Tonopah do Holloman. Pod koniec 1992 r. wprowadzono nowe nazwy własne dywizjonów F-117A. Było to zgodne z ówczesnymi wytycznymi dowództwa USAF nakazującymi pozbywanie się wszelkich nazw oraz godeł, które nawet w najmniejszym stopniu mogłyby sugerować lub kojarzyć się z symboliką satanistyczną. Pomimo że było to zdecydowanie na wyrost, zmieniono nazwy własne. Dywizjon 415th FS „Nightstalkers” nazwano „Nighthawks”, a dywizjon 416th FS „Ghostriders” – „Knight Riders”. Dywizjon szkolno-testowy 417th FS zachował swoją nazwę – „Bandits”. Ostatecznie jednak, 30 lipca 1993 r., dywizjony byłego skrzydła 37th FW przejęły tradycje i oznaczenia dywizjonów skrzydła 49th FW. Dywizjon 415th FS „Nighthawks” został deaktywowany i aktywowany jako: 9th FS „Iron Knights” (w 1995 r. dywizjonowi zmieniono ponownie nazwę na: „Flying Knights”). Dywizjon 416th FS „Knight Riders” został deaktywowany i aktywowany jako: 8th FS „Black Sheep”. W grudniu 1993 r. deaktywowano dywizjon 417th FS, który aktywowano jako 7th FS „Bunyaps”. W 1994 r. dywizjon 7th FS otrzymał nową nazwę własną: „Screaming Demons”. Nowe godło jednostki przedstawiało mitycznego, australijskiego „wrzeszczącego demona”. Stwór posiadał wyraźnie zakrwawione pazury i kły. Personel pozostałych dywizjonów mógł się tylko zastanawiać, jak nazwa ta i godło przeszły przez „anty-satanistyczne” sito dowództwa.

4 sierpnia 1992 r, a więc praktycznie na samym początku działań operacyjnych w Holloman AFB, doszło do katastrofy F-117A (85-0801). Pilot Capt. John B. Millis z dywizjonu 416th FS musiał się katapultować, po tym jak samolot rozpoczął niekontrolowaną beczkę, a następnie zaczął się palić. F-117A rozbił się 12 km od Holloman, a Millis wylądował na spadochronie w pobliżu wraku. Śledztwo wykazało, że bezpośrednią przyczyną katastrofy było uszkodzenie instalacji hydraulicznej i wyciek płynu roboczego. Do awarii doszło, ponieważ w samolocie podczas przeglądu błędnie zamontowano dukt zasysanego powietrza.

Dzięki przeniesieniu do bazy Holloman AFB samoloty F-117A mogły zostać włączone w normalny cykl ćwiczeń i przebazowań operacyjnych USAF. W okresie 15-26 marca 1993 r. cztery F-117A z dywizjonu 416th FS brały udział w ćwiczeniach „Team Spirit” odbywających się w bazie Kunsan AB w Korei Południowej. Tego samego roku, w dniach 13–17 czerwca osiem samolotów z dywizjonu 415th FS uczestniczyło w ćwiczeniach „Coronet Havoc”, w ramach których przerzucone zostały do holenderskiej bazy Gilze-Rijen. Z kolei w dniach 8-17 lutego 1994 r. F-117A zadebiutowały w ćwiczeniach „Red Flag” (Red Flag 94-2) organizowanych przez bazę Nellis AFB.

10 maja 1995 r. doszło do kolejnej katastrofy – tym razem tragicznej w skutkach. Podczas nocnego lotu szkoleniowego rozbił się F-117A (85-0822), który pilotował Capt. Ken Levens z dywizjonu 9th FS. Samolot uderzył w ziemię na terenie rezerwatu Indian Zuni w zachodniej Arizonie. Pilot nie próbował się katapultować, nie sygnalizował też wcześniej problemów. Śledztwo nie wykazało żadnej konkretnej przyczyny katastrofy, uznano więc, że mogła to być po raz kolejny dezorientacja przestrzenna.