Lotniskowiec Hiryū w marszu z duza predkosciapodczas prob morskich na wodach zatokiTateyama, 28 kwietnia 1939 r.

W dniu wybuchu wojny na Wake znajdowało się około 500 żołnierzy i oficerów oraz niespełna 1200 pracowników cywilnych. Do obrony atolu Amerykanie dysponowali 3 bateriami armat kal. 127 mm oraz 3 bateriami dział plot. kal. 76 mm. Znajdował się tam również pas startowy mierzący 1800 m i połowa 211. Dywizjonu Myśliwskiego Marines (VMF-211), złożona z 12 myśliwców Grumman F4F-3 Wildcat. Kilka dni wcześniej dostarczył je tam lotniskowiec Enterprise. Dopiero 11 grudnia w pobliżu atolu pojawiły się japońskie jednostki desantowe z 4. Floty dowodzonej przez wadm. Shigeyoshi Inoue. Okręty zbliżyły się do Wake i rozpoczęły ostrzał. Gdy odległość od przeciwnika spadła do około 2,5 Mm odpowiedziały działa obrony wybrzeża. Amerykanie szybko osiągnęli nakrycie, później trafienia i w końcu zatopili niszczyciel Hayate.

W tym samym czasie 3 niszczyciele próbowały zaskoczyć obrońców od innej strony. Jednak Japończycy utracili uszkodzonego Yayoi. Wycofujące się okręty zostały jeszcze zaatakowane przez Wildcaty, które osiągnęły kilka trafień 50-kilogramowymi bombami. Jedna z nich uderzyła w wyrzutnie bomb głębinowych na rufie niszczyciela Kisaragi. W wyniku ich eksplozji okręt szybko pogrążył się w odmętach Pacyfiku. Po stracie 3 niszczycieli oraz uszkodzeniach na innych jednostkach Japończycy odpłynęli do atolu Kwajalein.
Na ponowne uderzenie zdecydowali się dopiero 21 grudnia, gdy do 4. Floty dołączyły lotniskowce 2. Dywizjonu. Tego dnia samoloty z Hiryū i Sōryū wykonały nalot na Wake. Następnego dnia z pokładów lotniskowców wystartowały 33 bombowce B5N2 (16 z Sōryū i 17 z Hiryū) osłaniane przez 6 myśliwców A6M2.
Na ich przechwycenie wyruszyły jedyne 2 sprawne do lotu amerykańskie Wildcaty. Pierwszy z nich zdołał przedrzeć się do wrogich bombowców i strącić 2 z nich (wystartowały z Sōryū). Jego atak został wkrótce zakończony, gdyż zestrzelił go Zeke. Następnie ostrzelał drugiego Wildcata, a ranny w ramię Amerykanin rozbił się podczas lądowania.
23 grudnia o 02:35 japońskie oddziały desantowe, liczące około 1500 żołnierzy, rozpoczęły lądowanie na atolu. Pomimo zadania wrogowi dużych strat i silnej obrony Amerykanie poddali się tuż po 08:00 tego samego dnia. Na wsparcie oddziałów desantowych z pokładów 2. Dywizjonu Lotniskowców wystartowało łącznie 12 bombowców nurkujących, 27 bombowców horyzontalnych i 20 myśliwców. Opanowanie Wake spowodowało, że o godz. 18:50 lotniskowce wraz z osłoną obrały kurs w kierunku Japonii i 29 grudnia 1941 r. zawinęły do Kure.
Pierwszą dekadę stycznia Sōryū i Hiryū spędziły na przeglądach i uzupełnianiu zapasów. Po ich zakończeniu oba lotniskowce przepłynęły na kotwicowisko Hashirajima w zatoce Hiroszima (12 stycznia 1942 r.). Koncentrowano tam jednostki przeznaczone do akcji w Archipelagu Bismarcka. 2. Dywizjon Lotniskowców opuścił kotwicowisko 14 stycznia 1942 r., kierując się w stronę Palau dokąd dotarł 3 dni później. W tym czasie zapadła decyzja o skierowaniu na Archipelag Bismarcka tylko 5. Dywizjonu Lotniskowców, zaś Hiryū i Sōryū oraz 1. Dywizjon Lotniskowców miały wesprzeć agresję na Holenderskie Indie Wschodnie. Bezpośrednią osłonę 2. Dywizjonu zapewniał szybki pancernik Haruna, krążownik ciężki Maya i 4 niszczyciele. Cały zespół operował między Palau a wschodnimi wybrzeżami Filipin.
Zgrupowanie z Hiryū i Sōryū wypłynęło z Palau 21 stycznia i skierowało się w stronę wyspy Ambon, leżącej między Celebesem a wschodnią częścią Nowej Gwinei. 23 stycznia z pokładów Sōryū i Hiryū wystartowały samoloty do uderzenia na pozycje wojsk australijskich i holenderskich, ale ze względu na niesprzyjające warunki atmosferyczne nad celem musiały zawrócić. Następnego dnia lotnictwo obu jednostek powtórzyło uderzenie. Każdy lotniskowiec wysłał po 9 B5N2, D3A1 i A6M2 – łącznie 54 maszyny. Po nalocie wszystkie samoloty powróciły na macierzyste jednostki. Japończycy uznali swoje zadanie za wykonane i 25 stycznia okręty przybyły do Davao na Mindanao na Filipinach, po czym wróciły do Palau.
10 lutego Kido Butai czasowo przemianowano na Zespół Uderzeniowy Sił Południowych. Przez następne 5 dni japońskie okręty uzupełniały zapasy i wyposażenie, przygotowując się do planowanej operacji nalotu na port i miasto Darwin, leżące w połowie północnego wybrzeża Australii. Zespół Uderzeniowy Sił Południowych wypłynął z Palau 15 lutego 1942 r. Składał się z lotniskowców Akagi, Kaga, Sōryū i Hiryū, krążowników ciężkich Tone i Chikuma, krążownika lekkiego Abukuma oraz 8 niszczycieli. W odwodzie znajdowały się jeszcze szybkie pancerniki Kirishima i Hiei.
Rankiem 19 lutego lotniskowce osiągnęły punkt ataku odległy o 240 Mm od Darwinu. Lotnictwo pokładowe miało miało być wsparte przez lotnictwo marynarki bazujące w Kendari na Celebesie – 28 bombowców Mitsubishi G4M1 Betty i 27 Mitsubishi G3M2 Nell. Samoloty pokładowe miały atakować port, jednostki pływające oraz lotnisko cywilne, zaś bombowce lądowe skierowano przeciwko bazie lotnictwa australijskiego – RAAF-u.
O godzinie 08:22 z pokładów lotniskowców wystartowała pierwsza grupa – 81 bombowców horyzontalnych i 18 myśliwców. Sōryū i Hiryū skierowały do akcji po 18 swoich B5N2. O 08:47 w drogę ruszyła druga grupa – 71 bombowców nurkujących (w tym 18 z Sōryū i 17 z Hiryū) oraz 18 myśliwców (po 9 A6M2 z Sōryū i Hiryū). Wkrótce oba zespoły połączyły się i nad Darwin dotarły wspólnie. Całą formacją dowodził kmdr por. Mitsuo Fuchida.
O 09:58 pierwsze japońskie samoloty osiągnęły cel. W porcie i zatoce cumowało bądź kotwiczyło 57 cywilnych i wojennych jednostek pływających. Nalot był dla obrońców całkowitym zaskoczeniem. W jego trakcie Japończycy zatopili 3 okręty oraz 6 jednostek cywilnych, a 10 statków zostało uszkodzonych. W starciach powietrznych i na ziemi zniszczono łącznie 43 alianckie samoloty. Ostatnie japońskie maszyny odleciały w stronę własnych okrętów o godz. 10:10. Z wyprawy nie wróciły zaledwie 4 samoloty Kido Butai (Hiryū utracił myśliwiec, a Sōryū D3A1).
Załogi powracających samolotów zauważyły koło przylądka Foureroy 2 statki. Z tego powodu o 13:06 z pokładów 2. Dywizjonu Lotniskowców wystartowało po 9 bombowców nurkujących.
O 15:12 amerykański statek pasażerski Don Isidro (3261 BRT) padł ofiarą samolotów z Sōryū, zaś Florence D. (2638 BRT) został zatopiony przez maszyny z Hiryū.
Po zakończeniu nalotu wadm. Nagumo nakazał powrót do bazy i 21 lutego 1942 r. jego okręty zakotwiczyły w zatoce Staring na Celebesie. Uzupełniano tam zapasy przed planowanym wypadem na Ocean Indyjski. Zanim to jednak nastąpiło, dowództwo japońskie postanowiło zlikwidować możliwości komunikacyjne Jawy z resztą świata. W tym celu Zespół Uderzeniowy Sił Południowych został wzmocniony szybkimi pancernikami Hiei, Kirishima, Haruna i Kongō, krążownikami ciężkimi Atago, Maya i Takao oraz 4 niszczycielami i wysłano go na akweny oblewające tę wyspę od południa.
Japońskie okręty wyszły w morze już 4 dni po powrocie spod Darwin i nazajutrz dotarły do wyznaczonego obszaru operacyjnego. W południe 1 marca odebrano meldunek o zauważeniu jednostki alianckiej. O 12:40 Sōryū wysłał przeciwko niej 6 swoich Vali, a każdy z pozostałych lotniskowców po 9. Celem okazał się amerykański zbiornikowiec floty Pecos (AO 6), który przewoził załogę i lotników z zatopionego transportowca wodnosamolotów Langley (AV 3). Około 13:00 maszyny z Sōryū wykonały pierwszy nalot, lecz nie osiągnęły trafień. Ostateczny atak przeprowadziły Vale z Kagi. W efekcie zbiornikowiec trafiło bezpośrednio aż 12 japońskich bomb, aczkolwiek okręt zatonął dopiero o godz. 17:18.
W rejon walki skierowano amerykański niszczyciel Whipple (DD 217), który podjął 232 rozbitków, ale szybko opuścił ten akwen z powodu fałszywego przeświadczenia o bliskości japońskich samolotów. Dopiero wysłany na ratunek bliźniaczy Edsall (DD 219) został wykryty. Nagumo polecił więc swoim okrętom artyleryjskim zniszczyć cel. Japończycy wystrzelili ponad 1300 ciężkich pocisków osiągając… 2 trafienia bezpośrednie. Broniący się niszczyciel wykonał nawet nieskuteczny atak torpedowy.
W tej sytuacji wadm. Kondō poprosił przełożonego o atak z powietrza. Sōryū, Hiryū i Kaga wysłały po 9 Vali. Po pół godzinie bombowce Sōryū trafiły go bezpośrednio trzykrotnie, Hiryū raz, a Kagi aż pięciokrotnie. Unieruchomiony niszczyciel zatonął o godz. 17:31 dobity ogniem krążownika ciężkiego Chikuma, który później wyłowił z morza tylko 8 rozbitków.
Atak na Tjilatjap – główną aliancką bazę morską na południowym wybrzeżu Jawy – miał być wykonany 4 marca, ale ze względu na złą pogodę w rejonie startu samolotów został przesunięty o dobę. Następnego dnia, o 09:45, z pokładów japońskich lotniskowców wzbiło sie w powietrze 149 samolotów (pod dowództwem kmdr. por. Fuchidy). W pierwszej fali nalotu uczestniczyły samoloty z Kagi i Akagi, zaś maszyny z Sōryū i Hiryū leciały w drugiej (prowadził ją kmdr ppor. Takashige Egusa z Sōryū). Łącznie w nalocie udział brało 80 bombowców horyzontalnych, 33 bombowce nurkujące i 36 myśliwców.