Na co dzień PJOS podlega Dowództwu 3. Skrzydła Lotnictwa Transportowego, jednakże w razie potrzeby dowodzenie jednostką przejmuje Dowództwo Komponentu Wojsk Specjalnych (wcześniej – jako 7. Eskadra Działań Specjalnych – była ona podporządkowana 33. Bazie Lotnictwa Transportowego).
W dniu przylotu z 33. Bazy Lotnictwa Transportowego z Powidza wyjechał komponent obsługi naziemnej i zabezpieczenia lotów, który miał za zadanie dotrzeć na miejsce zgrupowania, wyznaczyć i przygotować lądowisko polowe do wykonywania operacji lotniczych oraz zorganizować warunki do przygotowania żołnierzy Wojsk Specjalnych do odbycia szkolenia z użyciem posiadanego sprzętu. Na lądowisku rozmieszczono niezbędne pojazdy takie jak cysterny z paliwem, dźwig, karetkę i straż pożarną. Strażacy zabezpieczali m.in. tankowanie śmigłowców oraz wszelkie operacje lotnicze wykonywane przez pilotów i żołnierzy Wojsk Specjalnych z lotniska polowego.
PJOS dysponuje ośmioma wielozadaniowymi śmigłowcami transportowymi Mi-17, ale planuje się również wyposażyć jednostkę w śmigłowce lekkie i samoloty.
PJOS dysponuje czterema wielozadaniowymi śmigłowcami transportowymi Mi-17 (Mi-17TU) z numerami bocznymi 601, 602, 603 i 605 oraz czterema śmigłowcami Mi-17-1V z numerami 6109, 6110, 6111 i 6112. Głównym zadaniem załóg latających na Mi-17 i Mi-17-1V jest transport żołnierzy i ich desant w wyznaczonych miejscach na terenie kontrolowanym przez własne wojska jak i na terenie nieprzyjaciela. Ponadto w razie potrzeby mogą one udzielić wsparcia ogniowego wykorzystując do tego celu: karabiny maszynowe PK kal. 7,62 mm, wielolufowe karabiny maszynowe M-134 Minigun kal. 7,62 mm (zakupiono je w ilości dziesięciu sztuk w 2013 r.), działka GSz-23Ł kal. 23 mm przenoszone w dwóch zasobnikach artyleryjskich UPK-23-250, niekierowane pociski rakietowe S-5 kal. 57 mm przenoszone w sześciu wieloprowadnicowych wyrzutniach rakietowych UB-32-A24 lub pociski rakietowe S-8 kal. 80 mm przenoszone w czterech wyrzutniach B-8W-20.
Powietrzna Jednostka Operacji Specjalnych wraz z żołnierzami Wojsk Specjalnych może również zapewnić wsparcie zespołom bojowego poszukiwania i ratownictwa, dokonującym odnalezienia i ewakuacji lotników zestrzelonych nad terenem kontrolowanym przez przeciwnika. Żołnierze Wojsk Specjalnych mogą być również przydzielani do konwencjonalnych pododdziałów w celu udzielenia specjalistycznego wsparcia podczas walki w terenie miejskim, wsparcia strzelców wyborowych czy odbicia z rąk przeciwnika własnych żołnierzy na wrogim terytorium. Piloci PJOS niejednokrotnie operują także nad morzem wykonując lądowania na platformach wiertniczych i lądowiskach przygodnych w pasie nadmorskim.
W ramach opisywanego ćwiczenia na pokład śmiglowców Mi-17 zabierano 12 do 16 żołnierzy Wojsk Specjalnych z pełnym uzbrojeniem i wyposażeniem, których zrzucano na spadochronach w wyznaczonym rejonie lub desantowano za pomocą lin. Żołnierze zajmowali miejsca na ławkach zamontowanych wzdłuż kadłuba oraz dwóch miejscach na fotelach zainstalowanych na tylnych drzwiach przedziału ładunkowego. Mimo bogatego doświadczenia, większość pilotów podczas lotów w górach odczuwa pewien niepokój związany z takimi czynnikami jak zmienność pogody, czasowe ograniczenie widoczności w kotlinach, zmienne wiatry oraz silne zawirowania powietrza.
Loty w terenie górskim to także odmienna specyfika w stosunku do lotów wykonywanych w terenie nizinnym przede wszystkim z uwagi na wysokości (moc zespołu napędowego spada w miarę wzrostu wysokości, co w terenie wysokogórskim ogranicza udźwig lub zapas paliwa) i charakterystykę terenu ze względu na jego duże urozmaicenie. Występujące prądy powietrza wznoszące i opadające na każdym kroku udowadniają załogom, że pilotaż w terenie górskim nie należy do łatwych. Dlatego tylko cykliczne ćwiczenie zapewnia opanowanie i utrzymanie na odpowiednim poziomie nawyków do trudnych lotów w górach, ponieważ piloci na każdym kroku spotykają się z siłami natury – nasłoneczniona strona góry powoduje, że śmigłowiec zaczyna się samodzielnie wznosić, a zacieniona powoduje przepadnie. Ze względu na pełną specjalsów kabinę ładunkową piloci PJOS szczególnie zwracają uwagę na te aspekty, ponieważ ich zadaniem jest dotarcie w wyznaczone do załadowania miejsce, ich podjęcie i bezpieczne dostarczenie w miejsce akcji, a następnie zabranie z powrotem.
Prowadzona przez pilotów nawigacja w górach jest znacznie trudniejsza od tej wykonywanej w terenie nizinnym stąd przygotowanie nawigacyjne w zakresie rejonu operacji, miejsca desantowania oraz wsparcia rozpoznawczego i ogniowego zespołu bojowego Wojsk Specjalnych jest niezwykle istotne aby cele realizowanego zadania zostały w pełni osiągnięte. Dlatego nawet doświadczeni piloci podczas przygotowania do realizacji zadań w górach odbyli dodatkowe zajęcia ze znajomości topografii i specyfiki wykonywania lotów w terenie górskim. Co więcej, personel latający PJOS miał również okazję w praktyce przećwiczyć wykonywanie zadań w wysokich temperaturach dodatnich, które w tym roku przekraczały na południu Polski 30 stopni Celsjusza.
