Samolot Ju 88 A-4, L1+IM z 4./LG 1 podczas lotu bojowego.

Po zdobyciu Tobruku i dotarciu do kolejnej linii obrony brytyjskiej 8. Armii pod El Alamein, Feldmarschall Erwin Rommel przerwał dalsze natarcie, aby zebrać zapasy zaopatrzenia, dać odpocząć swoim żołnierzom oraz poczekać na uzupełnienie stanów osobowych i sprzętu. Okazało się jednak, że z uwagi na nadmiernie wydłużone linie komunikacyjne oczekiwane zapasy oraz sprzęt nie nadeszły. Wobec takiej sytuacji dowódca Afrikakorps nie miał innego wyjścia, jak ponowić natarcie, aby nie dać czasu nieprzyjacielowi na umocnienie zajmowanych pozycji.

Atak poprzedziło bombardowanie pozycji brytyjskich pod El Alamein przez Ju 88 należące do I. i II./LG 1, które miało miejsce już o świcie 5 lipca 1942 r., pomiędzy 5:15 a 7:15. Do kolejnej operacji, rozpoznania walką szosy prowadzącej z El Alamein do Burg el Arab samoloty z 3./LG 1 wystartowały około 11:00. Zaraz po starcie, jeszcze nad lotniskiem, bombowce rozpoczęły manewrowanie w celu utworzenia szyku bojowego. Wówczas niespodziewanie spod osłony chmur z kierunku słońca wyskoczyła formacja samolotów myśliwsko-bombowych Kittyhawk z australijskiego 450 dywizjonu. Wprawdzie Ju 88 należące do 3./LG 1 zdołały uniknąć strat, ale zestrzelony został podchodzący do lądowania bombowiec Ju 88 A-4 należący do 2./LG 1, który jako ostatni wracał z jednej z porannych misji. Oblt. Friedrich Michel wraz z pozostałymi członkami załogi poniósł śmierć. Podczas ataku z lotu koszącego na zaparkowane na lotnisku bombowce, australijskie Kittyhawki uszkodziły jeszcze trzy samoloty należące do II./LG 1. Powtarzające się naloty lotnictwa brytyjskiego na lotnisko Bir el Abd zmusiły jeszcze tego samego dnia do ewakuacji jednostki do bazy Iraklion na Krecie, skąd kontynuowano operacje nad El Alamein.

Godło LG 1 wymalowane pod kabiną samolotu Junkers Ju 88 A-5.

Przez kolejne trzy dni Ju 88 z I. i II./LG 1 bombardowały pozycje nieprzyjaciela pod El Alamein nie ponosząc dalszych strat, aż wreszcie o świcie 9 lipca 1942 r. Rommel ruszył do natarcia starając się obejść główną pozycję wroga od południa. Pierwszego dnia ofensywy Niemcy poczynili niewielkie postępy, jednak już 10 lipca 9. Dywizja australijska kontratakowała na północnym odcinku frontu, gdzie broniła się włoska Dywizja „Sabratha” i bez trudu przełamała jej pozycje. Następnego dnia Rommel został zmuszony do przerzucenia części niemieckich jednostek z południa, aby powstrzymać natarcie Australijczyków na północy. Tego samego dnia bombowce z I./LG 1 z powietrza zniszczyły brytyjską baterię artylerii ciężkiej. Podczas nalotu szczególnie wyróżnił się Lt. Ulrich Hakenbeck pilotujący samolot L1+NH, który celną bombą zniszczył jedno ze stanowisk ogniowych. Silny ogień przeciwlotniczy uszkodził jego samolot, ale pomimo licznych przestrzelin Ju 88 bezpiecznie dotarł na lotnisko Iraklion. Mniej szczęścia miał Fw. Heinz Bartelt, pilot Ju 88 A-4, W.Nr. 140 009, którego maszyna zestrzelona została przez OPL. Bartelt oraz strzelec pokładowy, Ogefr. Adolf Bohrer uznani zostali za zaginionych, natomiast obserwator, Fw. Stephan Nemetz i radiooperator Uffz. Peters wyskoczyli na spadochronach i bezpiecznie dotarli do niemieckiej linii frontu.

Po opanowaniu sytuacji na północy Rommel rozpoczął na południu następne natarcie 13 lipca. Pomimo wsparcia z powietrza udzielonego przez Ju 87 i Ju 88 z Fliegerführer Afrika trwające dwa dni próby przerwania obrony nieprzyjaciela nie udały się i 21. Panzerdivision musiała wycofać się na pozycje wyjściowe. W nocy z 14 na 15 lipca Brytyjczycy rozpoczęli kontratak dużymi siłami pancernymi. Przez kolejne dwa dni Ju 88 starały się powstrzymać nieprzyjaciela bombardując jego bazy zaopatrzeniowe rozlokowane w niedalekiej odległości od linii frontu. 17 lipca Brytyjczycy przełamali obronę włoskich dywizji „Trento” i „Trieste”, ale zmasowane naloty Luftwaffe zdołały zatrzymać ich marsz w głąb ugrupowania tworzonego przez jednostki Osi.
21 lipca dowódca 8. Armii, gen. Auchinleck rozpoczął zakrojoną na szeroką skalę ofensywę mającą na celu odepchnięcie Rommla od granicy Egiptu. Naprzeciwko nacierających Brytyjczyków znajdowało się zaledwie 28 sprawnych czołgów niemieckich. Po zaciętej walce Brytyjczycy przełamali słabą obronę 15. Panzerdivision, ale ponownie nie byli w stanie szybko posuwać się do przodu wobec powtarzających się bez przerwy nalotów Luftwaffe. W ciągu dwóch dni stracili 118 czołgów i 24 lipca musieli zatrzymać dalszy marsz na zachód. Pomimo niezwykle intensywnych działań w tym okresie tylko cztery Ju 88 należące do LG 1 odniosły uszkodzenia, a trzech lotników zostało rannych.
Po dwóch dniach wzglę