Holenderskie siły kolonialne w Azji Południowo-Wschodniej operacyjnie podlegały generalnemu gubernatorowi Holenderskich Indii Wschodnich. Ich główne zadanie stanowiła obrona Jawy, najbogatszej z wysp kolonii. Tam zgrupowana była większość wojsk.

Pod koniec XVI wieku holenderscy żeglarze pojawili się w Azji Południowo-Wschodniej. 22 czerwca 1596 r. wyprawa złożona z czterech statków pod dowództwem Corneliusa de Houtmana zacumowała w Zatoce Bantam u wybrzeży Jawy. Niderlandzcy przybysze szybko odkryli, że Wyspy Sundajskie oferują towary, które są bardzo cenione na rynku europejskim. Pierwsza holenderska wyprawa przyniosła 400% zysku. Stąd już w 1602 r. powstała Kompania Holenderskich Indii Wschodnich (Verenigde Oost-Indische Compagnie), która zaczęła eksplorację regionu. W momencie przybycia Holendrów nie było tam wielkich struktur państwowych. Na samej Jawie istniało na początku XVII wieku aż pięć państewek, których władcy byli ze sobą zwykle zwaśnieni. Podziały wewnętrzne ułatwiły Holendrom podbój wyspy. W 1743 r. panowali już nad całą Jawą.
W 1796 r. Kompania Holenderskich Indii Wschodnich ogłosiła upadłość, a formalnie przestała istnieć trzy lata później. Jej posiadłości w Azji Południowo-Wschodniej upaństwowiono i połączono, tworząc w 1800 r. Holenderskie Indie (Nederlandsch-Indie). Za granicą do nazwy dodano przymiotnik „wschodnie” – dla odróżnienia od niderlandzkich posiadłości na Morzu Karaibskim, nazywanych Holenderskimi Indiami Zachodnimi (późniejsze Antyle Holenderskie). Stolicą nowej kolonii, w której rezydował gubernator generalny, została Batawia (obecnie Dżakarta), miasto w pobliżu północno-zachodniego wybrzeża Jawy.
W okresie wojen napoleońskich Jawa była przez kilka lat pod władzą Wielkiej Brytanii. Jednak wyspę zwrócono Holendrom w ramach uzgodnień zawartych w Traktacie Paryskim, który podpisano 30 maja 1814 r. Ostateczne zaś wytyczenie granic pomiędzy posiadłościami brytyjskimi i holenderskimi w Azji Południowo-Wschodniej nastąpiło 17 marca 1824 r. po podpisaniu dwustronnego traktatu w Londynie.
W następnym roku wybuchła ostatnia wielka rewolta jawajskiej ludności, wojna z księciem Diponegoro, jednym z synów Sułtana. Rebelii sprzyjała trudna sytuacja na wyspie, spowodowana przez klęski żywiołowe i nieurodzaj. Ich skutkiem były głód i zaraza. Jawajczykom nie spodobało się też podniesienie podatków przez kolonialistów. Bunt upadł 28 marca 1830 r. po aresztowaniu Diponegoro przez Holendrów. Lider został zesłany na wyspę Celebes, gdzie zmarł w 1855 r.
Po ostatecznym spacyfikowaniu Jawy Holendrzy mogli skoncentrować się na podboju kolejnych terytoriów, m.in. Bali, Sumatry, Borneo (Kalimantan) czy Moluków. Ekspansja terytorialna trwała do lat 20. XX wieku. Wtedy zajęto zachodnią część Nowej Gwinei.
Jednak to Jawa pozostała, ze względu na rozwinięte rolnictwo i zaludnienie, najważniejszą z wysp we władaniu Holendrów. W 1815 r. zamieszkiwało ją 5 mln ludzi. Holendrzy rozbudowywali system irygacyjny sprzyjający rozwojowi rolnictwa. Na wyspie powstawały kolejne plantacje – m.in. kauczuku, trzciny cukrowej i kawy. Do tego pod koniec XIX wieku na zachód od portowego miasta Surabaja zaczęto wydobywać ropę naftową.
Rozwój gospodarczy przyczynił się do rozbudowy infrastruktury komunikacyjnej. Na Jawie powstała sieć drogowa wzdłuż wybrzeży, z wyjątkiem górzystego południa. Jednocześnie zbudowano tuzin dróg łączących południe z północą wyspy. Przed wybuchem II wojny światowej na Jawie powstało około 5500 km linii kolejowych, łączących główne miasta, a wzdłuż wybrzeży były połączenia morskie. Większość jawajskich miejscowości zyskała połączenia telefoniczne i telegraficzne.
Działania kolonistów przyczyniły się do zwiększenia przyrostu demograficznego na wyspie. Wpływ na wzrost liczby mieszkańców kolonii miał zaprowadzony przez nich pokój wewnętrzny. Holendrzy rozszerzyli też gamę uprawianych roślin jadalnych. Poza znanymi od wieków ryżem i jęczmieniem pojawiła się m.in. kukurydza. Nie bez znaczenia był również system podatkowy promujący wielodzietność, bo kolonizatorzy potrzebowali coraz więcej siły roboczej na plantacjach.
W 1940 r. ludność Holenderskich Indii Wschodnich liczyła już 68 mln. Na Jawie i Madurze żyło w tym czasie 47 mln ludzi. Dominowali rodowici Jawajczycy. Największą mniejszością na wyspie było 600 tys. Chińczyków. Poza nimi mieszkało na niej jeszcze około 54 tys. przybyszy z innych rejonów Azji oraz Arabów. Holendrów było około 200 tys. (przy czym większość urodziła się w kolonii), część z nich – mieszanej krwi, bowiem od 1892 r. obywatelstwo otrzymywało dziecko holenderskiego mężczyzny (zwykle był to wojskowy) z miejscową kobietą, jeśli tylko ojciec je uznał za swoje. Osoby urodzone w takich związkach nazywano Euroazjatami lub Indusami pochodzenia holenderskiego.