Rafale M02 podchodzi do ladowania z podwieszonym zasobnikiem celowniczo-nawigacyjnym Damoclès i naprowadzana laserowo bomba GBU-24 Paveway III o wagomiarze 1000 kg. Samolot uzbrojony jest takze w pociski kierowane „powietrze–powietrze”, dwa MICA-IR i cztery MICA-EM.
Na początku 2019 r. samoloty Dassault Aviation Rafale B, C i M w Siłach Zbrojnych Republiki Francuskiej znajdują się w wyposażeniu trzech dywizjonów bojowych lotnictwa wojskowego (Armée de l’Air), trzech morskiego (Aéronautique navale) i dwóch należących do wydzielonego lotnictwa strategicznego (Forces aériennes stratégiques, FAS). Dodatkowe pojedyncze egzemplarze znajdują się w ośrodkach doświadczalnych i jednostkach szkoleniowych – ETR 3/4 (Escadron de Transformation Rafale) Aquitaine w bazie BA113 Saint-Dizier Commandant Antoine de Saint Exupéry oraz ECE 1/30 (Escadron de Chasse et d’Expérimentation) Côte d’Argent, należącej do CEAM (obecnie Centre d’Expertise Aérienne Militaire), w bazie BA118 Mont-de-Marsan Colonel Constantin Rozanoff.
W Armée de l’Air maszyny Rafale B i C służą w EC 1/7 (Escadron de chasse) Provence (baza BA104 Al Dhafra w Zjednoczonych Emiratach Arabskich), EC 3/30 Lorraine i RC 2/30 (Régiment de chasse) Normadie-Niémen, obydwa w bazie BA118 Mont-de-Marsan. W kolejnych latach zakłada się wprowadzenie tej konstrukcji do wyposażenia następnych jednostek bojowych, między innymi reaktywowanie kolejnego dywizjonu lotnictwa wojskowego – EC Alsace.
W 2018 r. utworzono nowy dywizjon należący do FAS – EC 2/4 La Fayette. Podobnie jak pierwszy dywizjon FAS – EC 1/91 Gascogne, stacjonuje w bazie BA113 Saint Dizier-Robinson. Obydwie jednostki wyposażone są wyłącznie w samoloty wersji Rafale B.
W maju 2001 r., jako pierwsza operacyjna jednostka lotnicza francuskich sił zbrojnych, maszyny Rafale M zaczęła otrzymywać Flotille 12F Les Lascars Aéronautique navale. Dopiero po upływie dekady, w 2011 r. Rafale M weszły do wyposażenia drugiej jednostki lotnictwa morskiego Flotille 11F Les Furieux. W lipcu 2016 r., po definitywnym wycofaniu samolotów Super Étendard Modernisé, wprowadzono ten typ maszyny do uzbrojenia trzeciej jednostki – Flotille 17F La Glorieuse. Wszystkie one stacjonują w Base d’aéronautique navale Landivisiau.
Dassault Rafale jest bez wątpienia jednym z najlepszych samolotów nowej generacji zapoczątkowanej w latach 80. Jego zastosowanie bojowe w kilku operacjach francuskiego lotnictwa, przede wszystkim w XXI w., pokazuje jego wszechstronność, zaawansowanie techniczne i niezawodność. Mimo że do 2015 r. znajdował się wyłącznie w służbie francuskiego lotnictwa, należał do zachodnich maszyn powszechnie stosowanych w konfliktach zbrojnych obok amerykańskich samolotów. Dziś samoloty Rafale, w wersjach EM (jednomiejscowa) i BM (dwumiejscowa), w barwach lotnictwa wojskowego Egiptu, są używane w operacjach bojowych przeciw islamistom. Z kolei na terytorium Francji, w utworzonym w grudniu 2018 r. w bazie BA118 Mont-de-Marsan dywizjonie EC 4/30 Qatar Rafale Squadron, trwa szkolenie personelu lotniczego i technicznego lotnictwa wojskowego Kataru, który stał się drugim po Egipcie zagranicznym nabywcą tej maszyny (wersja jednomiejscowa Rafale EQ i dwumiejscowa DQ). Wkrótce samolot pojawi się również w wyposażeniu lotnictwa Indii.
Zamówienia na potrzeby francuskiego lotnictwa zostały ostatecznie określone w listopadzie 2009 r. na 180 egzemplarzy (pod koniec lat 90. planowano zamówienie 250 maszyn) w trzech podstawowych wersjach – dwumiejscowej Rafale B (63), jednomiejscowej Rafale C (69) i morskiej Rafale M (48). Zamówienie zostało rozłożone na cztery transze – pierwsza liczy 13 maszyn, druga 48, trzecia 59 samolotów i ostatnia czwarta – 60.
Przewidywano produkcję maszyn w poszczególnych wariantach (standardach) oznaczanych jako F (France) i tak:
Do połowy 2017 r. dostarczono ogółem 148 samolotów, w tym 48 w wersji jednomiejscowej, 54 w dwumiejscowej i 46 dla lotnictwa morskiego. Zakładano, że w tym samym roku lotnictwo wojskowe otrzyma jeszcze jedną maszynę, a trzy następne w 2018 r. Przerwa w dostawach była związana z produkcją eksportowych Rafale. Przyjęto, że ostatnich 28 maszyn francuskie lotnictwo otrzyma w latach 2021–2023.
4 grudnia 2000 r. Aéronautique navale otrzymało dwa pierwsze samoloty Rafale w wersji M. Ze względu na niedostatki finansowe i problemy techniczne wynikające m.in. z tego, że w przypadku Rafale zrezygnowano z partii przedseryjnej, a po lotach doświadczalnych i testach prototypów poszczególnych wersji w ośrodkach CEAM oraz CEV nowy samolot wszedł od razu do służby. Według francuskiej nomenklatury kolejne warianty są oznaczane mianem standardów. Tak jest również w przypadku tej konstrukcji.
