13 września Departament Obrony Stanów Zjednoczonych poinformował, że US Air Force wydała zarządzenie zakazujące użycia wielozadaniowych samolotów tankowania powietrznego w misjach transportowo-pasażerskich.

Powodem tego kroku są problemy z układem mocowania palet na pokładzie głównym, w czasie kilkunastu lotów próbnych odnotowano samoczynne otwarcie blokad, to zaś mogło grozić przesunięciem ładunków lub foteli pasażerskich. Zmiana środka ciężkości może, w ostateczności, grozić katastrofą lecącego samolotu.

W ramach rozwiązań tymczasowych, Amerykanie podjęli decyzję o zdegradowaniu KC-46A wyłącznie do roli samolotu tankowania powietrznego. Boeing ma rozwiązać problem wraz z inżynierami Departamentu Obrony.

KC-46A Pegasus został certyfikowany do transportu do osiemnastu palet transportowych 463L lub do 58 pasażerów. Obecnie jest jedynym samolotem segmentu MRTT, który otrzymał boczne drzwi ładunkowe cargo, które umożliwiają sprawny za i wyładunek palet oraz modułów pasażerskich z pokładu głównego – dzięki powyższej funkcji może jednocześnie służyć jako wsparcie dla innych typów samolotów bojowych przewożąc zespół techniczny oraz podstawowe wyposażenie do wysuniętej bazy operacyjnej. Jednocześnie dzięki możliwościom transportowym KC-46A może stanowić uzupełnienie dla floty wyspecjalizowanych maszyn transportowych.